Ce sont quatre fautes. Il faut accorder : vécus – tirés – retirées – pesés.

Accord d’un participe passé suivi de l’attribut d’un complément d’objet direct antéposé

* Le grammairien Jouette demande l’invariabilité :
— le tintamarre les a rendu fous
Donc :
— vous nous avez cru capables

* L’Office québécois de la langue française, très souvent invoqué ici, donne le choix
http://bdl.oqlf.gouv.qc.ca/bdl/gabarit_bdl.asp?t1=1&id=5185 :
— cette explication, Pierre l’a trouvé étrange
— cette explication, Pierre l’a trouvée étrange
Donc au choix :
— vous nous avez cru capables
— vous nous avez crus capables

* Le Grevisse constate l’usage de l’accord ou non pour le verbe « croire » :
— de profondes salières qu’on aurait cru évidées au scalpel
— tout le monde l’a crue morte
Donc au choix :
— vous nous avez cru capables
— vous nous avez crus capables

La question est posée tellement souvent sur ce site qu’il devient pénible de voir chacun donner sa propre réponse, méthodiquement, depuis des années, parfois en changeant d’avis, comme s’il y avait une évidence qui change selon l’inspiration du jour.

Vous avez répondu vous-même juste après votre question : « ils ont une origine importante », écrivez-vous. Donc c’est au singulier.

* Ordre des mots
Utilisons « avant » et « pendant » :
(a) — avant et pendant la sonnerie
(b) — avant la sonnerie et pendant
Dans la première formule, on rapproche « avant » et « pendant » pour les appliquer en même temps à « la sonnerie ».
Dans l’autre, on fait une ellipse, en ne répétant pas « la sonnerie ».
Si la construction diffère, les sens me semblent être rigoureusement les mêmes.

* En amont
J’imagine que « en amont » signifie « avant », mais qu’une raison vous incite à utiliser « en amont » pour insister sur un déroulement, un processus, ou autre chose. Ce n’est pas de la simple chronologie mais de l’organisation (un certain travail à réaliser en amont, d’où découlera que la visite se passera bien). Ok.

* Constructions différentes
Ce qui était facile avec « avant » et « pendant » est moins évident avec « en amont de » et « pendant », parce que la construction différente rend le parallèle plus difficile.
— on dit : en amont DE l’opération
— mais : pendant l’opération
Les constructions n’étant pas symétriques, il n’est pas question d’utiliser le parallélisme (a) ci-dessus :
(a) — ‘en amont de’ et ‘pendant’ l’opération
Le construction (b) en revanche n’est pas interdite, puisqu’elle consiste simplement en une ellipse, et que les ellipses sont relativement libres.
(b) — ‘en amont de’ l’opération, et ‘pendant’
La proposition (a) a presque du sens avec des guillemets mais elle n’est pas utilisable en français fluide.
La proposition (b) est tout à fait valide.
— En amont de l’opération et pendant, le standard téléphonique sera ouvert en permanence.
Est-ce élégant, je l’ignore, mais je vous affirme que c’est correct.

* Remplaçons « venue » par « visite »
— En amont de sa visite et pendant, il est possible de…
La phrase est valide.
Le problème est qu’une visite a une durée, et qu’on peut dire « pendant sa visite », mais qu’une venue est un événement ponctuel, et qu’on ne peut pas dire « pendant sa venue ».
Si pour telle ou telle raison, vous tenez au mot venue, n’hésitez pas à utiliser deux mots ou davantage :
— En amont de sa venue et pendant sa visite, il est possible de…
— En amont de sa venue prévue pour vendredi à 16 h et pendant toute la durée de sa visite, il est possible de…

Parlez-vous de concordance des temps ?
— je me suis aperçue que j’ai besoin…
— je me suis aperçue que j’avais besoin…
Les deux phrases sont correctes grammaticalement. La question du style se pose.

1. En littérature française du XIXe siècle, on applique la concordance des temps, obligatoire sur la base du passé simple (ou de l’imparfait pour transcrire l’idée de durée)
— Au fil du temps, je m’aperçus que j’avais besoin de mettre à jour mes connaissances.
— Au fil du temps, je m’apercevais que j’avais besoin de mettre à jour mes connaissances.

2. Puis de 1920 à 1970, on commence à utiliser le passé composé à la place du passé simple, mais on conserve la concordance des temps.
— Progressivement, je me suis aperçue que j’avais besoin de mettre à jour mes connaissances.

3. Depuis une cinquantaine d’années, on écrit de plus en plus avec un passé composé qui n’a pas de valeur de passé simple (récit d’une aventure ou d’une expérience), mais qui transcrit simplement une antériorité dans le présent (temps du CV : j’ai fait ceci, j’ai fait cela…). Même les romans modernes s’articulent majoritairement autour du passé composé vu du présent (Hier je suis allé à la piscine…).
— Avec ce bilan de compétences qu’on m’a imposé, je me suis aperçue que j’ai besoin de mettre à jour mes connaissances.
Tous les temps sont abordés depuis le présent.

Cette façon 3 de faire correspondre les verbes (deux passés composés, tous deux vus du présent), bien que correcte, à mon avis s’accorde mal avec le magnifique « au fil du temps », et peut-être pas non plus avec votre niveau d’expression, si vous ne le souhaitez pas trop banal, et si vous voulez raconter une histoire : un récit de parcours professionnel est beaucoup plus subtil qu’un constat, et beaucoup plus intéressant qu’un CV de technicien (j’ai déjà fait ce travail, je me suis formé à telle méthode…).

Il m’arrive de déconseiller trop de concordances des temps automatiques (« il m’a dit qu’il fait beau chez lui » est bien suffisant, « il m’a dit qu’il faisait beau chez lui » est inutile). Mais pour raconter une histoire, ne serait-ce qu’un parcours professionnel, si vous voulez nous y plonger, si votre registre de langue vous autorise à intégrer le beau CC « au fil du temps », un passé composé à valeur de passé simple (et non de simple constat dans le présent) est tout indiqué, et il s’ensuit une concordance des temps au passé.
— Au fil du temps, je me suis aperçue que pour mener à bien mon projet professionnel, j’avais besoin de mettre à jour mes connaissances.
C’est cela que je vous conseille. La phrase est très belle. C’est un récit très bien mené.
Vous pouvez entamer la phrase suivante avec un passé composé, pour continuer à faire défiler le récit logiquement.
— C’est pourquoi j’ai souhaité…
Et terminer au présent.
— Je vous présente donc…

Pas d’interdiction de principe d’un point de vue syntaxique, mais parfois des ambiguïtés sur le sens.
— Jean Dupont se présente aux départementales contre Robert Duval, et espère bien battre le conseiller sortant.
Le conseiller sortant est-il Robert Duval ou un troisième candidat ? difficile à dire.

Je me doute bien que tu sais tout ce que je vais écrire ci-dessous. Mais je liste quelques problématiques, afin que tu repères, dans la complexité de ta question telle que je l’ai analysée, le point qui t’a fait douter. Liste en réponse les points sur lesquels tu es d’accord, ceux sur lesquels tu souhaites me contredire, et ceux auxquels je n’ai pas répondu.

Rem. 1. Il ne s’agit pas d’accorder, mais de conjuguer. C’est important d’utiliser les bons mots, parce qu’on peut accorder un participe passé selon un COD, accorder un adjectif selon un substantif, accorder par syllepse selon le sens… Ici, nous parlons de conjuguer un verbe selon son sujet, et de rien d’autre. Tout ce qu’on a à faire est d’identifier le verbe et son sujet dans une phrase de six mots. C’est à peu près du niveau CE1, et avec notre expérience, nos études, et notre capacité d’analyse, nous devrions y parvenir.

Rem. 2. Pour écrire à l’instinct « c’était ou c’étaient une énigme » sans se poser trop de questions, mets au présent, oublie les livres de grammaire, et dis à voix haute :
— ses difficultés, c’est une énigme ; ses difficultés, ce sont une énigme.
La question elle est vite répondue quand on a le français pour langue maternelle : le pronom démonstratif neutre sujet « ce » n’est jamais pluriel ; il faut l’accepter une fois pour toutes.

Rem. 3. L’idée de regrouper deux mots au singulier pour leur conserver ensemble le nombre singulier, c’est une bonne idée ; cela existe avec un développement, une gradation, une précision, une juxtaposition de presque synonymes. L’absence de « et » (très probablement volontaire) dans ta liste de deux éléments plaide d’ailleurs pour cela.
— Cette timidité et cet embarras sont un handicap pour elle.
— Cette timidité pour s’exprimer, cet embarras quand on l’interroge, est un vrai handicap pour elle.
— Sa timidité, son embarras visible, sa terreur parfois, est un handicap pour elle.
— Cette timidité, cet embarras fréquent devrais-je plutôt dire, est un handicap pour elle.
On voit bien l’idée, merci d’y avoir pensé. Mais cela ne concerne pas notre question.

Rem. 4. En disant que « cette timidité, cet embarras » est « sujet » de « Ce », tu veux certainement dire que c’en est l' »antécédent », c’est-à dire que « ce » reprend « cette timidité, cet embarras ». Utilise les bons mots, on se comprendra mieux.
Non, ce n’est pas le cas. Jamais le pronom démonstratif neutre « ce » ne reprend des substantifs.
On reprend un substantif par les pronoms sujets « il, elles, qui, ceux-ci… »
— cette timidité et cet embarras étaient pour lui une énigme.
— cette timidité et cet embarras, qui étaient pour lui une énigme, …
— cette timidité naturelle et cet embarras fréquent m’étonnaient ; ils étaient pour moi une énigme.
A ce niveau, nous n’avons pas encore identifié l’antécédent du pronom démonstratif « ce », si antécédent il y a, mais nous savons que l’antécédent n’est pas « cette timidité naturelle, cet embarras ».

Rem. 5. Chaque fois que tu peux remplacer « ce » + « être » par « cela » + « autre verbe », alors « ce » est le sujet neutre de la phrase, et on conjugue au singulier. L’antécédent est la situation exposée, par exemple une proposition, il n’est jamais un substantif avec son genre et son nombre.
— Ces enfants ont tué leurs parents. Cela m’attriste.
— Ces enfants ont tué leurs parents. C’est triste.
Le pronom « ce » ne reprend pas un substantif. Ce pronom neutre reprend une situation exprimée dans la phrase précédente, ou connue, ou facile à appréhender dans le contexte. Au lieu d’utiliser « cela » comme avec tous les autres verbes, on utilise « ce » avec le verbe « être ».
Ta phrase se situe dans ce cas-là :
— Cela représentait pour lui une énigme.
— C’était pour lui une énigme.

Rem. 6. Il n’y a aucune objection à donner un attribut singulier à un sujet pluriel, et tu as bien fait ne pas t’arrêter à cela. Ce n’est pas parce que la phrase se termine par « une énigme » que la conjugaison du verbe doit être au singulier :
— Mes enfants sont pour moi une énigme.
Et même si ce n’est pas ta question, dans cet exemple, ce qu’il faut repérer, c’est qu’on conjugue selon le sujet, et que jamais la présence d’un attribut singulier ne demandera de conjuguer un verbe au singulier, et pareil pour le pluriel.
Si « Ce » était un sujet pluriel de ta phrase, alors il faudrait conjuguer le verbe au pluriel, car ce n’est absolument pas l’attribut qui suit qui décide de la conjugaison du verbe :
— Ce sont une énigme pour moi.
Mais non, vous devez choisir entre le pronom personnel, accordé selon ce qu’il représente, et le pronom démonstratif neutre :
— elle a une timidité naturelle et un embarras fréquent : ils sont une énigme pour moi.
— elle a une timidité naturelle et un embarras fréquent : c’est une une énigme pour moi.
C’est le principe du pronom démonstratif neutre. Il n’est pas normal de conjuguer au pluriel un verbe dont le sujet est un pronom démonstratif neutre. Il faut le comprendre une fois pour toutes, car le contraire est souvent écrit ici ou ailleurs.

Rem. 7. Il n’existe en effet aucune règle disant qu’on conjugue un verbe dont le sujet est « ce » selon le nombre de l’attribut. Cette règle, bien que souvent exprimée, est totalement invalide syntaxiquement. Quand tu constates une conjugaison du verbe selon l’attribut et non selon le sujet, c’est presque toujours simplement une faute de syntaxe (exemple : cette timidité, c’étaient les séquelles d’un traumatisme de jeunesse). Le pronom « ce » est neutre singulier, il commande un verbe au singulier, ce n’est pas plus compliqué que cela.

Rem. 8. Ne conjugue le verbe selon l’attribut que dans un nombre très restreint de cas : sujet pluriel postposé au verbe et choix de conjuguer selon l’attribut singulier antéposé pour une question de fluidité. Ce sont des situations précises, très rares, qui ne nous concernent pas ici, car « énigme » n’est pas sujet de ta phrase mais attribut postposé.

Rem. 9. Quand on estime qu’il faut conjuguer le verbe « être » avec le mot qui suit, c’est que le mot « ce » n’est pas un pronom qui reprend un élément de la proposition précédente. Ce n’est qu’un mot, sans valeur sémantique, qui introduit un sujet réel. Vous pouvez par exemple l’appeler particule, car ce n’est pas un pronom. Mais cela est une autre histoire…

Non, aucune proposition à la forme affirmative sans « si » ne pourra jamais répondre à une question à la forme interro-négative.

Choisissez d’abord la phrase au présent que vous souhaitez mettre au passé.

1. subjonctif présent –> subjonctif imparfait
a — je ne pense pas qu’il réussisse son examen.
b — je ne pensais pas qu’il réussît son examen.
Il est également accepté de conserver le subjonctif présent :
c — je ne pensais pas qu’il réussisse son examen.

2. indicatif futur –> conditionnel présent à valeur de futur dans le passé
a — je ne pense pas qu’il réussira son examen.
b — je ne pensais pas qu’il réussirait son examen.

3. subjonctif passé –> subjonctif plus-que-parfait
a — je ne pense pas qu’il ait réussi son examen.
b — je ne pensais pas qu’il eût réussi son examen.
Il est également accepté de conserver le subjonctif passé :
c — je ne pensais pas qu’il ait réussi son examen.

Le cas 3 évoque du passé dans le passé, est-ce vraiment ce que vous voulez dire ?

Les cas 1 et 2 ont globalement le même sens pour parler de futur incertain.
Comme il n’existe pas de subjonctif futur, on utilise le subjonctif présent ou l’indicatif futur.
Je ne pense pas qu’il vienne = je ne pense pas qu’il viendra.
Le conditionnel présent qui vous embête correspond à un futur dans le passé, valide.
Choisissez entre les équivalents 1b (mais on n’utilise plus beaucoup le subjonctif imparfait dans un texte moderne), 1c (l’absence de concordance devient la norme), et 2b (pas de subjonctif si on choisit le futur).

— une fièvre de cheval, des fièvres de cheval.
— une course de chevaux, des courses de chevaux.
Quand le complément du nom est explicatif et non déterminatif, il n’y a aucun rapport entre le nombre du nom et le nombre du complément du nom. Si le sens ne s’y oppose pas, ne modifiez pas le nombre du complément quand vous mettez le nom principal au pluriel.
— un chapeau de paille, des chapeaux de paille.
— un timbre de collection, des timbres de collection.
— une prise de pouvoir, des prises de pouvoir.
— une robe de mariée, des robes de mariée.
— un engagement de service, des engagements de service.

C’est différent du complément déterminatif, ou le mot principal et son complément s’adaptent souvent l’un à l’autre pour des raisons de sens.
— le chapeau de mon oncle, les chapeaux de mes oncles.
— la robe de la mariée, les robes des mariées.