La règle est très claire même si son application peut poser ensuite des problèmes !
– mots francisés : en romain, alphabet latin, avec pluriel régulier (je ne reviens pas dessus) et prononciation française ;
– mots non francisés : en italique, avec alphabet, pluriel et prononciation de la langue d’origine.
Vu le nombre impressionnant de mots étrangers en circulation et introduits chaque année, il est impossible de faire des listes de mots totalement francisés pour tous les domaines. Le choix pertinent est donc affaire d’usage (dictionnaires divers, médias)  et de contexte (une carte de restaurant n’est pas un roman). Dans votre exemple, on peut considérer à ce jour comme francisés tous les mots sauf :
– conchiglie : sous cette forme, c’est le pluriel de l’italien conchiglia (de la famille de conque), le ch se prononçant /k/ et le e final /é/ . Il fait par ailleurs doublon avec coquillette, sa version française ;
– pipe rigate : se prononce à l’italienne et reste en l’état.
À noter que le cas, plus courant, de tagliatelle (prononciation et pluriel italiens) a été examiné par l’Académie française qui a retenu la graphie « taliatelle(s) » puisque le g ne se prononce pas. Belle illustration de la règle…

Point 2 : la forme blé en mouture (état moulu) semble bien plus courante que les autres mais il faudrait une phrase complète pour se prononcer.