Bonjour,

Il a commencé est au passé composé et décrit simplement une action qui s’est produite dans le passé (il y a trois jours, ou deux cents ans, ou cinq minutes) et qui est maintenant terminée : il a fait ses devoirs, Victor Hugo a écrit Les Misérables, je suis tombé dans l’escalier (ce qui est bien le cas dans votre exemple puisque même si l’action commencée n’est pas terminée, la personne n’est plus en train de la commencer). Il avait commencé est au plus-que-parfait, ce temps est utilisé dans un récit au passé pour décrire un événement qui s’est produit (et terminé) avant le moment où se passe l’une des actions du récit : Il s’était levé tôt et préparait son petit déjeuner lorsqu’il entendit la nouvelle à la radio (ici préparer le déjeuner et entendre la nouvelle sont simultanés, par contre il s’était levé tôt s’est passé et terminé avant ces deux actions).

Pour votre autre question, les deux formes sont grammaticalement correctes, dans le premier cas ci-joint est adverbe et invariable, dans le second il est adjectif et se rapporte à ma lettre avec laquelle il s’accorde en genre et en nombre. Il est cependant plus usuel d’utiliser la première forme (ci-joint utilisé comme adverbe pour signifier ici).

1)
• Le passé composé (il a commencé), comme son nom l’indique, est un temps du passé. Il exprime une action ou un fait qui a déjà eu lieu au moment où nous nous exprimons.
Il s’utilise aussi pour une action ponctuelle et brève dans la passé. Il est formé à l’aide d’un auxiliaire « avoir » ou « être » et du participe passé.
J’ai fini de lire ce livre, je vais en emprunter un autre.
Le soleil a resplendi toute la journée et tu n’es pas sorti !
• Le plus-que-parfait (il avait commencé) marque une action passée ayant eu lieu avant une autre également passée.
Le candidat à la présidentielle fut réélu ; les sondages l’avait prévu.
Les pommes étaient tombées dans l’herbe.

2) Employés comme adjectifs, « ci-annexé », « ci-inclus » et « ci‑joint » s’accordent :
« Veuillez trouver ci-jointes les photocopies. » , « les modifications ci‑jointes »

Exceptions : il y a toutefois deux cas précis où il ne faut pas accorder, étant employés sous forme adverbiale :
‑ s’ils sont placés en tête de phrase : « Ci‑joint les modifications »
‑ s’ils sont placés immédiatement devant le nom, c’est‑à‑dire quand le nom en question n’est pas précédé d’un déterminant : « Je vous envoie ci-joint photocopie… ».

Ci-inclus la demande de bourse à remplir.
Tu trouveras ci-incluses deux places pour le concert.

Dans les autres cas, lorsque ces locutions sont employées, dans le corps de la phrase, avec un substantif accompagné d’un déterminant, I’usage n’est pas fixé. Selon qu’on leur accorde une valeur adjective ou adverbiale, sans qu’il soit jamais possible de trancher, on fait ou non l’accord. La huitième édition de l’Académie (1935) ne manquait pas de rendre compte d’une telle latitude :
Vous trouverez ci-incluse la copie que vous m’avez demandée.
Vous trouverez ci-inclus une lettre de votre père (article ci-inclus).
On écrira donc :
Je vous fais parvenir ci-joint, ou ci-joints plusieurs exemplaires de mon mémoire.

Dans votre exemple, on peut donc employer indifféremment ci-joint  ou ci-jointe  :
Veuillez trouver ci-joint ma lettre de motivation.
Veuillez trouver ci-jointe ma lettre de motivation.