Bonjour,
Théoriquement, les deux sont possibles mais  il vaut mieux s’accorder avec le sens. Qui, physiquement, arrête-t-on ? tue-t-on ? Les personnes. Cela demeure fondamentalement un acte individuel, même s’il est répété un grand nombre de fois.
Durant ce conflit plusieurs centaines de personnes furent arrêtées dont une centaine tuées.
Ce serait différent si centaine avait été le sujet principal du propos :
Durant cette manifestation plusieurs centaines de personnes furent annoncées dans le journal dont probablement une centaine comptabilisée en double.