Il n’y a pas de mystère, le participe en apposition s’accorde avec le pronom (ou nom) auquel il se rapporte, donc « arrivé à bon port, chacun rejoint son logement » (à comparer avec « arrivés à bon port, tous rejoignent leur(s) logement(s) ».

PS Je vois qu’une nouvelle réponse soulève un doute sur l’accord qui pourrait prétendument se faire avec des éléments non présents dans la phrase. Il s’agit là d’une construction défectueuse appelée anacoluthe. Même si on la trouve hélas sous des plumes autorisées (exemples chez Mérimée,  Léo Mallet, Michel del Castillo et d’autres depuis Racine), elle reste bancale et sème la confusion dans une phrase. Comme le rappelle Bruno Dewaele, référence du Projet Voltaire, on doit l’éviter. Un participe détaché, présent ou passé, se rapporte au nom auquel il est apposé, pas à un autre. 

Merci beaucoup !

C’est peut-être moins une question d’accord que de construction. Ce serait plus clair avec un peu de contexte, par exemple avec la phrase précédente.
Doit-on accorder ? demandez-vous. Oui, bien sûr, il faut accorder le participe passé, mais la question est de savoir avec quoi…
Admettons que vous hésitiez entre le pluriel, car il s’agit de plusieurs personnes, et le singulier, car il s’agit également de chacun.

Si vous écrivez sous la dictée, sans donc pouvoir modifier la phrase, et que le texte parle de personnes qui voyagent ensemble, écrivez « arrivés », car mieux vaut une rupture syntaxique qu’une faute de sens.
J’ai raccompagné mon fils ; nous avons marché dix minutes, nous avons pris le métro, et, arrivés à la gare, le jui ai dit adieu. La phrase perd tout sons sens si vous la terminez par : et, arrivée à la gare, je lui ai dit adieu.
Dans Carmen, à un moment du récit où l’héroïne est escortée par deux militaires, Mérimée écrit : Arrivés au corps de garde, le maréchal des logis dit que c’était grave, et qu’il fallait la mener à la prison. Si l’auteur avait écrit « arrivé au corps de garde, le maréchal… », on se serait bien demandé comment il y était arrivé seul alors qu’ils étaient partis trois.

Si vous accordez ainsi, au pluriel, vous ne pourrez évidemment pas considérer que c’est une apposition au sujet « chacun ». Il suffira de considérer qu’il y a dans « arrivés à bon port » non pas un participe apposé mais une subordonnée adverbiale participiale sans sujet répété.
— Les cinq amis sont rentrés ensemble, et, arrivés à la gare, chacun a regagné son domicile.
On pourrait expliciter le sujet de la participiale pour se conformer aux règles scolaires, mais ce serait une répétition inutile :
— Les cinq amis sont rentrés ensemble, et, ces cinq amis arrivés à la gare, chacun a regagné son domicile.
Si c’était le sens de votre question, si vous souhaitiez savoir si le participe passé « arrivé » doit obligatoirement s’accorder au singulier avec « chacun », ou s’il peut s’accorder au pluriel avec toutes les personnes arrivées ensemble, alors je pense que l’accord au pluriel est bien préférable, bien plus proche de l’intention de l’auteur.

Merci d’avoir cité tous les exemples afin de me faire palper les subtilités !