Votre analyse  est la bonne : personne n’a « affirmé Marie » et il manque bien un élément en fin de phrase. Il n’y a donc pas lieu d’accorder le participe.
Mais j’écrirais plutôt : « Mais je n’ai pas la preuve formelle que Marie était réellement celle qu’Adam m’a affirmé qu’elle était. » Cela parait lourd mais c’est la logique de construction (c’est Marie qui est, pas Adam). Sinon, il faut tourner la phrase autrement.
À la différence de certains verbes classiquement semi-auxiliaires (pouvoir, devoir), il n’est pas d’usage de faire l’ellipse derrière les autres qui remplissent cette fonction :
– Il a a fait tous les efforts qu’il a pu (ellipse de faire) ;
– Il a a fait tous les efforts qu’il a estimé… (à compléter d’un infinitif ou d’une proposition infinitive).