En effet, « en fait de » ne signifie pas « au lieu de ». Il peut y avoir un lien avec ce sens si vous l’utilisez pour donner une précision, voire rectifier une information et il aura le sens d’une opposition. Mais ce n’est pas obligatoire.
En fait de meubles, la possession vaut titre. Cette règle du Code civil indique que la possession d’un meuble équivaut à un titre de propriété. En principe, celui qui possède un meuble en devient instantanément le propriétaire. C’est une bonne illustration du sens de « en fait ».

Dans votre phrase, ça ne va pas :
Au lieu d’un poulain, la jument accoucha d’une bête monstrueuse à trois pattes et deux têtes.
En fait d’effet tératogène*, la jument accoucha d’une bête monstrueuse à trois pattes et deux têtes.
ou
dans un autre contexte
En fait de prodige, la jument accoucha d’une bête monstrueuse à trois pattes et deux têtes.

*action produisant des malformations sur l’embryon.

Je pense qu’il y a confusion (mais je ne saurais vous dire pourquoi).
La locution en fait de + nom sans article veut en effet précisément dire « en matière de » (dans le domaine de).
C’est une tournure qui a un peu vieilli mais qu’on trouve encore en association dans en fait de guerre, de commerce, de littérature, de religion. L’exemple de Joëlle « en fait de meubles » se rattache à ce sens, dans le domaine juridique.

Je vous remercie pour vos réponses.  J’ai donc reformulé ma phrase.  En fait de langue, il faut reconnaître ses torts 🙂