1. Nous avions moins écouté l’histoire de Don Luis que frissonné en entendant ces phrases auxquelles manquaient les accents.

2. Nous avions moins écouté l’histoire de Don Luis que nous avions frissonné pendant que nous entendions ces phrases auxquelles manquaient les accents.
Oui, elles sont équivalentes.
nous avions entendu : il n’y a aucune raison d’employer le PQP :  il n’y a pas d’antériorité mais simultanéité entre écouter  et frissonner : le temps doit être le même.

Les deux phrases paraissent assez maladroites, surtout la deuxième, évidemment plus lourde. Il doit y avoir moyen d’une formulation plus élégante. Mais nous sommes hors contexte On comprend mal ce que sont les accents des phrases, et les accents qui leur manquent.