Bonsoir,
Avec la plupart des autres verbes, les deux formulations auraient des sens très différents : Je dis qu’il ne comprendra pas  / Je ne dis pas qu’il comprendra.
mais la négation du verbe penser, dans le sens de croire, elle, est à mon avis purement rhétorique, car dire qu' »on ne pense pas », qu' »on ne croit pas », c’est exprimer une pensée. Donc en disant Je ne pense pas, on ne nie pas une pensée ou une opinion, au contraire on l’affirme et la valeur négative ne peut alors s’appliquer qu’à la suite de l’énonciation. D’un point de vue purement logique, les deux options avec penser sont donc absolument équivalentes, mais la personne au centre du propos n’est pas la même  : Je ne pense pas qu’il comprendra met en avant l’énonciateur (Je) alors que Je pense qu’il ne comprendra pas insiste sur la personne évoquée (il).