Pour votre première question, un exemple où les deux accords sont possibles, selon l’interprétation :

contraste
C’est la soupe que j’ai pris (et non la salade) = ce que j’ai pris, c’est la soupe et non pas la salade / j’ai pris cela, la soupe (et pas la salade) ; où on voit que le pronom que est mis pour ce/cela qui est singulier neutre ; par conséquent, le participe reste au « neutre » = masculin (+ singulier).

présentatif
C’est la soupe que j’ai prise = voici la soupe que j’ai prise ; ici a contrario que est mis pour la soupe, par conséquent le participe s’accorde en genre et en nombre, dans le cas présent, au féminin singulier.

Pour votre phrase, il me semble que seule l’interprétation « contraste » est possible, dès lors, le participe reste au masculin singulier : Ce sont des fraises que j’ai mangé (et non des prunes).

Pour votre deuxième question, Des fraises, j’en ai mangé, en mis pour fraises est COD, dans ce cas, les deux accords sont possibles (même si l’invariabilité est préconisée par les puristes et possiblement la plus fréquente dans l’usage) :(source)

Si vous voulez dire que ce que vous avez mangé c’est des fraises, déjà, n’écrivez pas « ce sont » mais « c’est ».
Vous pouvez ensuite hésiter entre « en dessert, c’est des fraises que j’ai mangé » et « en dessert, c’est des fraises que j’ai mangées ».
Environ 100% des réponses que vous trouverez sur ce site, 99% des réponses que vous trouverez sur internet, et 95% des réponses que vous trouverez dans les grammaires vous demandent d’accorder en genre et en nombre avec le COD antéposé, donc au féminin pluriel. C’est également ce qu’imposent les règles du Projet Voltaire. C’est bien sûr absurde.
Votre analyse consistant à remplacer le COD par le pronom « en » est certainement bonne, mais comme ce mot « en » a des sens nombreux et se construit de façons nombreuses, je vais la simplifier et la remplacer par la mienne, plus simple, et par la possibilité du pronom neutre « cela ».
— Des fraises ? c’est bien cela que j’ai mangé –> C’est des fraises que j’ai mangé
— Vos fraises ? c’est bien elles que j’ai mangées –> C’est vos fraises que j’ai mangées
Dans le second cas, on peut aussi écrire « ce sont ».
Copiez vite cette réponse avant sa disparition, car au moins deux fois mon compte a été supprimé pour avoir maintenu cette position contre l’avis éclairé (mais complètement con) du Projet Voltaire.

Les fraises que j’ai mangées étaient bonnes.
C’est bien des fraises que j’ai mangées.
==>Accord du PP avec le COD placé avant

Des fraises, j’en ai mangé, ps d’accord du PP AVEC LE COD « en » placé avant.
Dans cette dernière phrase, « en » représente fraises et est bien le COD..