Bonjour,

Aménager : organiser (un espace) pour un usage déterminé.
Emménager : s’installer dans un nouveau logement. Dans votre cas, en effet, il faut dire : aménagé dans une ferme, le musée…

Donc, selon la définition, c’est la ferme qui a été aménagée en musée… et non le musée qui est « aménagé » dans la ferme…ou une ancienne ferme.
On peut dire plus simplement que le musée a été installé dans une ancienne ferme.

Merci !