Bonsoir,
Les deux modes sont possibles et se différencient par une nuance d’intention. Avec l’indicatif, l’impossibilité est factuelle (« Vous comprendrez que je ne peux…« ) : l’interlocuteur est invité à admettre la réalité.  Avec le subjonctif, l’impossibilité est d’abord pensée (« Vous comprendrez que je ne puisse… ») : l’interlocuteur est invité à s’approprier le cheminement mental de l’énonciateur. Après la formule « Vous comprendrez… » qui appelle à mener un raisonnement,  le subjonctif paraît plus évident, mais certains contextes peuvent néanmoins lui préférer l’indicatif.

Comprenez que je ne peux pas vous accorder une autorisation.
Veuillez comprendre que je ne peux pas vous accorder une autorisation.
Il faut que vous compreniez que je ne peux pas vous accorder une autorisation.
Je pense que vous pouvez comprendre que je ne peux pas vous accorder une autorisation.
Allez-vous enfin comprendre que je ne peux pas vous accorder une autorisation ?
Je ne peux pas, je ne peux pas, c’est comme ça.