Les guillemets ont pour vocation de détacher les passages en « style direct » qui sont  des citations d’une personne ou d’un personnage. Il n’y a fondamentalement pas de différence entre une citation à haute voix ou une pensée et les guillemets s’imposent dans les deux cas de manière identique : « Bah, dis donc, ce monsieur n’a pas l’air commode ! », pensè-je.
Cela étant, dans des textes où l’un des personnages se fait de fréquentes réflexions à lui-même, en général brèves, il peut arriver que ces passages soient écrits en italique (avec ou sans guillemets) pour les distinguer des dialogues (celui qui pense est par principe toujours le même). Ce choix demande néanmoins une préparation et de la rigueur pour être correctement appliqué sur l’ensemble d’un ouvrage.