Sans doute : attention signifie absence de doute…, probablement, peut-être n’obligent en rien au conditionnel, un doute est possible même au futur (il pourra peut-être venir). Il faut vraiment définir un contexte et une organisation de phrase :

– S’il persistait dans cette voie, je ne pourrais sans doute pas le protéger (cdtel obligatoire)
– S’il persiste, je ne pourrai sans doute pas le protéger.
– Dans cette éventualité, je ne pourrai(s) pas …

À vous (si vous êtes le rédacteur) de définir si c’est le futur ou l’éventualité qui l’emporte.

Le choix des temps est plein de nuances.
Il faut vraiment, pour pouvoir vous répondre, connaître deux choses :
– le contexte. C’est à dire  : de quoi on parle, les circonstances du récit ou du discours, etc.
– l’intention de celui qui écrit.
Pour simplifier, enlevons la locution adverbiale sans doute et changeons la personne (ainsi on fait tomber l’homophonie entre conditionnel et futur)

Voici les jeux de temps possibles pour cette phrase. J’ai essayé d’en indiquer les nuances. J’ai bien conscience que ce n’est pas si facile de maîtriser cet emploi des temps.

Toutes les phrases ci-dessous (jusqu’aux pointillés) sont au système du présent : elles s’insèrent, chacune, dans des textes au système du présent
[Système de temps : si j’écris au présent, j’ai droit à plusieurs temps . je peux évoquer le passé et le futur. exemple : Hier j’ai fait la tarte que je t’apporte et que nous mangerons ensemble demain.
Si j’écris au passé j’ai droit là aussi à plusieurs temps (e ne sont pas les mêmes : la veille  j’avais fait la tarte que je t’apportais et que nous mangerions ensemble le lendemain.
Le jeu des temps est assez important pour les deux systèmes]

1 S’il persistait il ne le protègera pas
L’imparfait n’est pas temporel mais modal, ce qui signifie qu’il n’indique pas un passé. C’est pour cela qu’on peut avoir un futur dans la principale. ce qui s’exprime ici dans la subordonnée (soulignée)c’est l’hypothèse, le fait envisagé.  Aucun doute pour l’action qui en découlera (dans la principale (en gras).

2 S’il persistait il ne le protègerait pas. C’est le même imparfait modal dans la subordonnée : hypothèse et non temps du passé. Cette fois-ci on a décidé d’exprimer la possibilité, l’éventualité avec le conditionnel dans la principale.

3 S’il persiste, il ne le protègera pas. Cette fois-ci, la subordonnée, avec le présent, indique une possibilité (plus forte qu’avec l’imparfait modal). C’est pour cela que la principale ne peut avoir qu’un futur et non un conditionnel qui serait en contradiction avec cette idée.
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Si on veut transposer ces trois phrases au passé :
1 S’il avait persisté il ne le protègerait pas. Plus que parfait modal : hypothèse + futur du passé (et non conditionnel) : fait envisagé, hypothèse.
2 S’il avait persisté il ne l’aurait pas protégé*. Plus que parfait modal  (hypothèse)  + conditionnel passé : possibilité, éventualité
3 S’il  persistait il ne le protègerait pas. Imparfait : possibilité plus forte qu’avec le plus que parfait modal + futur du passé

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* autre sens : fait non réalisé dans le passé
On a encore un autre jeu de temps possible : S’il persistait, il ne le protégeait pas : fait non réalisé dans le passé (imparfait modal dans la subordonnée et dans la  principale).