Le COD du verbe « réfléchi » n’est pas le nom « bêtises » mais le pronom « que ».
On a deux propositions qui ont chacune leur verbe, leur sujet et leurs compléments (« faire » n’en a qu’un : ‘que ») :

C’est un endroit où on réfléchit aux bêtises : « bêtises » est nom COI du verbe « réfléchir »
que l’on a faites : « que » est pronom COD du verbe « faire »
>> auxiliaire avoir – accord avec le COD car placé avant – le COD est féminin pluriel comme le nom qu’il reprend (le nom « bêtises ».

Oui, il y a bien accord du participe passé avec le COD ici parce que le COD (les bêtises) est placé avant le participe et que l’auxiliaire est avoir. La finesse étant ici que [les] bêtises est COI de réfléchir et COD de avoir faites.

Bonjour,
C’est peut-être un peu stupide de ma part, mais je fais toujours un transfert vers l’exemple le plus explicite – les lettres.
Dans votre cas, et cela pourra vous servir dans le futur, on peut dire en parallèle :
C’est un endroit où on réfléchit aux lettres que l’on a écrites -> COD avant le participe passé.