Bien sûr, la phrase prend un point final (après la parenthèse s’il y a lieu) et etc. prend un point. Donc vous avez deux points : un pour etc. et un pour la phrase.
Attention car tout dépend de ce qu’il y a entre parenthèses, voir ci-après.

Règle générale : sans parenthèse
L’abréviation “etc.” est toujours précédée d’une virgule et suivie d’un point. L’erreur courante consiste à la faire suivre de points de suspension. Or, en la matière, il faut choisir : soit “etc.”, soit “…”. Si l’on veut vraiment indiquer qu’une liste se poursuit, “etc.” semble plus approprié car les points de suspension peuvent également marquer un sous-entendu… N’est-ce pas ?

Enfin, si “etc.” se trouve en fin de phrase, on n’ajoute pas d’autre point : le point abréviatif et le point final ne font qu’un !

Ponctuation de parenthèse :

Le point final est placé à l’intérieur des parenthèses lorsque le commentaire forme une phrase complète. Il est placé à l’extérieur lorsque le commentaire n’est qu’un segment de phrase fondu dans le texte.
Cette mesure est révisée. (Ainsi en a décidé le Conseil.)
Cette mesure est révisée (sur décision du Conseil).

De la même manière si la phrase réclame une virgule à l’endroit où est insérée la parenthèse, la virgule sera mise juste après la parenthèse fermante.
Ce que je vais vous dire, écoutez-bien (ceci est très important), est la pure vérité.

Vous avez raison, le point de l’abréviation et le point final de la phrase ne se confondent que s’ils se touchent.