Bonjour,
Où est ici un adverbe interrogatif et non un pronom relatif qui serait précédé d’un nom auquel il se rapporte.
La construction de la phrase est correcte d’un point de vue grammatical.
On pourrait dire : je ne sais pas où ranger certains sacs.

Il y a des sacs que je ne sais pas où ranger : où est complément circonstanciel de lieu. C’est un adverbe. On peut le remplacer par « à quel endroit » >Il y a des sacs que je ne sais pas à quel endroit ranger.
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Vous écrivez : Je sais qu’on utilise « que » avec un COD et « dont » avec un COI. Mais qu’est-ce qui suit « où » ?
Votre question révèle des erreurs de compréhension :

– on n’utilise pas que avec un COD, ni dont avec un COI. Mais que est très souvent COD (il peut aussi être attribut), et dont est parfois COI (il peut être complément de nom ou avoir encore d’autres fonctions)
– Un pronom relatif a un antécédent dans une autre proposition, c’est à dire qu’il remplace un nom déjà cité, tout en reliant les propositions : le chapeau que tu portes te va très bien = ce chapeau te va très bien ; tu portes ce chapeau
– ce qui suit un pronom relatif n’est ni un COD ni un COI mais généralement un verbe avec son sujet : J’ai rencontré hier la personne dont nous parlions.
– où peut être complément circonstanciel de lieu ou de temps : je me souviens des jours où nous étions enfants. (temps)

Bonjour,
Où peut aussi être interprété (à l’instar de qui, que, dont, etc.) comme un pronom relatif qui absorbe la préposition à ou dans et sous-entend son antécédent : ...je ne sais pas où ranger équivaut à …je ne sais pas [l’endroit] dans lequel les ranger. Où est alors complément circonstanciel de lieu du verbe ranger.
Où peut également être interprété comme un pronom introduisant une subordonnée relative sans antécédent. La subordonnée est complément du verbe ne sais pas. Et où est toujours complément de lieu du verbe ranger.
Où peut enfin être interprété comme un adverbe interrogatif dans une formulation de discours indirect  :  …que je voudrais savoir où ranger. qui conduit à la même construction pour une question implicite : …que je ne sais pas où ranger.  Où est toujours complément circonstanciel de lieu du verbe ranger.
Les grammaires ont des manières de classifier où qui peuvent être différentes mais la conclusion est toujours la même, celle d’un complément de lieu.

Super, merci pour ces réponses détaillées.