Ce n’est pas toujours logique, mais attention subtilité…
Avec sa majesté employé seul, on n’accorde que le pronom personnel au féminin, c’est moins rigide pour le second élément, d’où « le  garant ».
Avec sa majesté le roi, on garde le masculin au pronom personnel et au second élément.

Avant-propos.

La question que vous posez n’a rien à voir avec l’utilisation de « sa majesté ». Que cette expression soit à considérer au masculin ou au féminin est une question qui se poserait avec un attribut adjectif : sa majesté est grand/grande. Mais c’est une question qui ne se pose normalement pas avec un attribut nom : sa majesté est le témoin d’un complot, sa majesté est la victime d’un complot… Il est hors de question d’accorder un nom attribut avec le genre grammatical du nom qu’il qualifie, pas davantage qu’en raison de son sexe.

Réponse.

Et donc pourquoi « le garant » ? Simplement parce que le nom « garant » est un nom masculin.
— L’Autriche est le garant de ce traité. La police est le garant de l’ordre. La société X est le garant du respect du contrat. Sa Majesté n’est-elle pas le garant du bonheur de ses sujets ?

Compléments.

a) Si on considère que « garant » est une fonction, et que par métonymie on désigne une personne de sexe féminin par sa fonction, alors, parfois, on peut appliquer la forme féminine du nom. Marie est [le juge / la juge] de paix du canton. Marie est [un grand auteur / une grande autrice]. Dans cette optique, autour d’un contrat avec un prêteur, un emprunteur et un garant, tous femmes, vous pourriez les désigner par leurs fonctions et féminiser cette fonction : la prêteuse, l’emprunteuse et la garante. Il est souvent inutile de féminiser les fonctions, c’est souvent ridicule de considérer que la fonction change de genre grammatical selon le sexe de la personne qui l’occupe, mais on le fait dans la vie courante, quand on pense davantage à la personne qu’a la fonction : pour désigner un professeur femme, on peut dire « ma prof » (en insistant sur le sexe) ou « mon prof » (en insistant sur la fonction).

b) Si vous aviez voulu utiliser cette possibilité de féminiser les noms de fonction, vous auriez dû nous donner le sexe de la majesté en question :
— Pour un roi : Sa majesté est un grand dirigeant du monde, un garant de la paix.
— Pour une reine : Sa majesté est une grande dirigeante du monde, une garante de la paix.
Vous voyez que la seule question à se poser est le sexe de la majesté, et n’a aucun rapport avec la façon qu’on a de la nommer. Pourquoi n’avez-vous pas jugé utile de nous dire si vous parliez d’un homme ou d’une femme ? Si vous pensez qu’il existe un accord du nom attribut selon le genre grammatical du sujet, c’est une immense erreur. Quand on féminise un nom, c’est en raison du sexe, jamais du genre.

c) Enfin, même s’il s’agit d’une reine, avez-vous la possibilité d’utiliser le nom « garant » sous sa forme féminine dans votre exemple ? Non. Pour un contrat on peut dire « le garant / la garante » parce que le mot peut désigner une personne. Mais jamais encore « le garant du bonheur » n’a été une métonymie pour désigner une personne. Dans votre phrase, c’est de la fonction de garant que vous parlez et non de la personne. On écrit donc, indépendamment du genre grammatical du sujet, et indépendamment du sexe du sujet, le nom « garant » sous sa forme ordinaire, masculine, et aucune métonymie ne permet un accord syntaxique (parce qu’un nom ne s’accorde jamais), ni le choix de la version féminine d’un nom en raison du sexe de la personne dont on parle :
— Le roi n’est-il pas le garant du bonheur de ses sujets ?
— La reine n’est-elle pas le garant du bonheur de ses sujets ?

Un grand merci pour  vos explications !😍  Grace à vous, j’ai enfin compris !!!  Vous êtes top !  ❤❤❤

Je ne m’étais absolument pas posé les bonnes questions  – ce qui m’arrive encore trop souvent –  et je n’ai donc pas prêté attention à la nature de « garant ».