On ne comprend pas bien qui désigne le pronom « on », surtout en relation avec la première proposition ; on a souvent expliqué que
– « on » est singulier s’il désigne l’homme ou une entité générale
– « on » est pluriel s’il désigne un groupe de personnes identifiées et peut se remplacer par « nous ».

Il me semble que les deux tournures conviennent, tout dépend du contexte :
Si vous parlez dans l’absolu  :
Quand elle prend ses distances et se referme comme une huître, on se sent seul et incapable de l’aider.
Si vous parlez de quelqu’un au sein d’un groupe de personnes (par exemple une bande d’amis), le pluriel s’impose :
Quand elle prend ses distances et se referme comme une huître, on se sent seuls et incapables de communiquer avec elle.

Malgré tout, l’adjectif « seul » me semble ne pas convenir ici, je ne vois pas de lien entre sa mise à l’écart (auquel cas c’est elle qui se sent seule) et votre sentiment de solitude.
Peut-être que « rejeté » ou « accusé » conviendraient mieux ?

Académie française. Questions de langue : 

« On, nous, vous (accord)

1. Le pronom indéfini on, qui désigne un sujet dont on ignore le sexe ou le nombre, exige, en principe, un attribut ou un participe au genre non marqué, c’est-à-dire au masculin, et au singulier.

On écrira bien, en effet : On est parvenu à réduire le débit du fleuve ; On est fatigué de ce combat ; On n’est pas sûr du résultat.

Il arrive pourtant que on ne désigne pas les hommes en général, des personnes indéterminées, mais telle ou telle personne : dans ce cas, l’accord se fait tout naturellement en genre et en nombre.

C’est le sens qui commande, et le goût. On s’était fâchés ; On s’est séparées à regrets ; On est allés ensemble jusqu’au bout du chemin… ne sont donc pas des tournures fautives.

Littré relevait déjà chez Corneille, Molière, Racine, La Bruyère, Marivaux ou Rousseau de nombreux exemples de cet accord selon le sens, qui caractérise la syllepse, et se retrouve d’ailleurs dans d’autres tournures telles que La plupart comprennent, Bon nombre sont venus, Quantité ont disparu. »

Merci Joelle, on désigne une famille donc c’est bien au pluriel ?

« Marie prend ses distances, on se sent seuls et incapables »

Si « nous » était un groupe de femmes :« Marie prend ses distances, on se sent seules et incapables »

Merci pour votre retour et bonne journée,

Merci Cathy.

J’essaie d’être plus clair :

La professeur d’esthétique démissionne (c’est un fait), on se sent seules et incapables (conséquence pour les élèves)»

Merci 🙂

Se sentir seul(s) et incapable(s).
Votre question est la même que celle rencontrée cent fois ici : est-ce que même avec un verbe à l’infinitif il faut continuer à considérer que l’adjectif est l’attribut d’un sujet non exprimé (et accorder absurdement en fonction de ce sujet plus ou moins inconnu) plutôt qu’un adjectif de sens adverbial ?
Dans « travailler seul », vous voyez une façon de travailler, un adverbe ?
Et pourtant dans « accoucher seule », le féminin vous semble nécessaire ?
Donc on est d’accord, « seul » n’a pas un sens d’adverbe mais un sens d’adjectif : on accorde à chaque fois qu’on connaît l’agent du verbe.
A priori, il n’existe pas d’adjectif qualifiant formellement un agent qui s’appliquerait tellement mieux au verbe qu’à son agent, au point qu’on en vienne à le considérer comme invariable.
Et pourtant vous êtes tellement nombreux à poser ce type de question qu’il y a forcément une raison. Mais cette raison vous ne la trouverez pas forcément sur notre site de grammairiens. Ou alors demandez à Tara, elle n’est pas psycho-rigide et acceptera toutes les constructions, aussi syntaxiquement fautives soient-elles, pour peu qu’elles donnent un supplément de sens à nos vies absurdes.

Merci Prince,

Si « on » désigne tout simplement des femmes. Que dois-je privilégier ? « On se sent seule » ou « On se sent seules » ?

Grmber,

Vous m’écrivez « Merci Cathy. J’essaie d’être plus clair :
La professeur d’esthétique démissionne (c’est un fait), on se sent seules et incapables (conséquence pour les élèves)»

Oui, j’avais bien compris le sens que vous donnez à votre phrase, et c’est tout à votre honneur de vouloir trouver les tournures les plus appropriées.
En effet, votre problème d’accord au féminin-pluriel est résolu.

Mais je revenais sur l’emploi de vos adjectifs  (ce qui ne faisait pas partie de votre question, j’en conviens, mais qui a son importance) :
Si la prof démissionne, vous vous sentez abandonnées, plutôt que seules.
Et vous vous sentez impuissantes plutôt qu’incapables.
D’ailleurs on est « incapable de« .
« Incapable » en tant que substantif existe, mais alors on dira plutôt « nous sommes des incapables« .
Mes propositions :
Depuis que la prof est partie on se sent seules (sans elle).
La prof a démissionné, et on se sent abandonnées, impuissantes, incapables de continuer seules.