Et si c’est un individu qui est en tain de changer de sexe ?

Cela dépend de ce qu’il y a avant :

il est dans l’impossibilité de se mettre accroupi.
Ils sont dans l’impossibilité de se mettre accroupis.
Elles sont dans l’impossibilité de se mettre accroupies.
Elle est dans l’impossibilité de se mettre accroupie.
On est dans l’impossibilité de se mettre accroupi.
etc.
« Accroupi » est ici attribut du sujet.

la phrase complète est :
« l’expert a relevé une impossibilité de se mettre accroupi »

donc « l’expert a relevé une impossibilité de se mettre accroupi.
accroupi reste neutre

Merci beaucoup pour votre aide.

« Se mettre accroupi » n’est pas une tournure très heureuse. En bon français on dira « Impossibilité de s’accroupir« .
Si la position dure (dans le temps), on peut dire « se tenir accroupi / rester accroupi« .

Si l’expertise porte sur un lieu où l’on ne peut pas s’accroupir, on optera pour l’accord neutre :
L’expert a relevé une impossibilité de s’accroupir / de se tenir accroupi / de rester accroupi.

Maintenant, s’il s’agit d’une expertise médicale concernant une ou plusieurs personnes, on accordera en genre et en nombre :
Se tenir accroupie / accroupies / accroupi / accroupis.