Du reste signifie D’ailleurs, en outre. Il ne forme pas pléonasme avec l’idée de concession.

bien que ce fût*contre elles du reste que nous nous rebellions

* il faut le subjonctif imparfait ici. Au présent cela donnerait : bien que ce soit contre elles du reste que nous nous rebellons

Merci #Tara. Mais qu’est-ce qui vous fait penser qu’il faille mettre la phrase au subjonctif imparfait? Il n’y a aucun conditionnel, la phrase désigne une chose qui s’est vraiment passée.

 bien que ce fût contre elles du reste que nous nous rebellions
Le mode subjonctif n’exprime pas l’irréel mais la subjectivité.
Il n’est pas non plus dépendant du conditionnel.
Dans une subordonnée introduite par « bien que » il faut utiliser le subjonctif*. Comme la phrase est au passé, on utilise le subjonctif passé.
Dans votre phrase ce ne peut être « fut » qui est un passé simple de l’indicatif.

* l’emploi du subjonctif est délicat à expliquer souvent et délicat à comprendre.
Je vais essayer. Soit une phrase complète -par exemple :
Bien que ce fût contre elles du reste que nous nous rebellions, elles n’en prirent pas ombrage.
Seul le procès (prendre ombrage) de la principale est présenté comme un fait, donné comme une information. Celui de la subordonnée est présenté comme une réflexion sur ce fait et c’est pour cela que la subordonnée est introduite par la conjonction de subordination restrictive « Bien que »  (toujours suivie du subjonctif).

Dans la phrase suivante, le locuteur choisit une autre conjonction de façon à présenter les deux procès comme des informations :
Alors que c’était contre elles que nous nous rebellions, elles n’en prirent pas ombrage.

Merci beaucoup. Du coup, c’est rebellions et non rebellons comme vous l’aviez écrit plus haut ?