Question intéressante je trouve.
Effectivement, avec « la seule » on a tendance à penser que seul le subjonctif puisse suivre.
Mais vous avez raison, l’indicatif peut être également employé.
Voir ICI

Cette femme a soulevé des montagnes. En effet, ce n’est pas la seule porte qu’elle a réussi à ouvrir / qu’elle ait réussi à ouvrir., elle a aussi réussi à…

Avec le seul, le plus, etc. la relative est en général au subjonctif. (superlatif).
Certains vous diront que ce n’est pas obligatoire, mais j’ai appris ainsi.

S’il l’on veut exprimer une certitude, ou présenter un fait comme incontestable, on peut utiliser l’indicatif : l’homme est le seul de tous les animaux qui est droit sur ses pieds (Fénelon).
On utilise le plus souvent le subjonctif pour atténuer le sens trop nettement absolu de l’expression (Dictionnaire des difficultés de la langue française)

Si vous pensez que l’indicatif est plus approprié à votre phrase pour bien traduire votre pensée, c’est qu’il est plus approprié. Si c’est plus clair, si c’est plus proche de ce que vous voulez exprimer, alors c’est mieux.

C’est le mot « seul » qui vous inquiète ? On dit bien « seule cette porte a été ouverte », et non « seule cette porte ait été ouverte ». Avec une formule en « c’est », pour dire la même chose (parler de la porte), on conserve l’indicatif : « c’est la seule porte qui a été ouverte ». Le subjonctif « c’est la seule porte qui ait été ouverte » ne ferait que dégrader l’expression d’une pensée claire. Il n’apporterait aucune plus-value. Il n’aurait aucune justification. Il serait à vrai dire fautif dans ce sens car il cesserait de qualifier la porte.

Vous pensez que « le seul » est un superlatif ? Mais non (comment peut-on inventer ça, comme dans une réponse avant la mienne ?), ce n’est qu’un article avec un adjectif. Si vous considérez une porte, et qu’elle est la seule à présenter certaines caractéristiques, écrivez : « c’est une petite porte que j’ai ouverte, il n’y a qu’une petite porte, seule la porte bleue est petite, la petite porte, la bleue, est la seule porte que j’ai ouverte. »

Alors c’est une question de phrase négative ? Non. Tant que vous parlez de la porte, de ses caractéristiques (petite, bleue, étant la seule à avoir été ouverte) mais aussi de ses non-caractéristiques (non petite, non bleue, n’étant pas la seule à avoir été ouverte), utilisez l’indicatif.

C’est quand vous parlerez du fait d’ouvrir des portes, et que « seul » sera clairement un complément du verbe et non un complément qualificatif du nom, c’est quand le mot « seul » désignera non pas la caractéristique spécifique d’une porte mais le fait que le procès du verbe se porte uniquement sur cette porte dans une étendue de choix possibles, de scénarios et d’hypothèses, c’est quand nous alignerons en pensée un infini de portes que nous pourrions ouvrir ou non, c’est dans ce cas qu’il faudra utiliser le subjonctif.

Approche orientée objet :
* Vous prenez une porte, et vous dites que c’est la seule porte qui… –> indicatif
* Vous prenez un verbe, et vous restreignez sa portée à une porte… –> subjonctif
Mais alors pourquoi le subjonctif dans une phrase négative ? Tout simplement parce qu’il est moins fréquent qu’on ait une approche orientée objet si on ne centre pas la phrase sur l’objet. Mais en réalité l’objet peut parfaitement être présent dans une phrase négative (j’ai vu l’objet A, mais aussi l’objet B, donc l’objet A, ce n’est pas le seul seul objet que j’ai vu).

C’est donc une question de contexte ? Oui, mais le contexte que vous donnez n’aide pas à trancher. Il nous faut un contexte grammatical, un thème. Peut-être la phrase précédente, peut-être la suivante, difficile à dire. Par quel biais devons-nous approcher votre phrase ?
Ce que vous devez préciser, c’est si le mot « seul » va au nom ou au verbe. Mais quand vous l’aurez découvert, ce sera tellement clair que vous n’aurez plus besoin de notre avis.
* Le mot « seul » complète le nom ?
— Il existe deux portes qu’elle a ouvertes dans sa vie : la porte A et la porte B. La porte A, ce n’est pas la seule porte qu’elle a ouverte dans sa vie, car il existe une autre porte qu’elle a ouverte dans sa vie.
* Le mot seul complète le verbe ?
— Elle a rencontré bien des portes dans sa vie, et en a ouvert beaucoup. Parmi toutes, la porte A est la seule qu’elle ait ouverte si facilement.
Réfléchissez à votre utilisation du mot « seul » dans votre phrase. Mais la réponse à votre question est de toute façon très simple : si vous posez la question, c’est que vous avez parfaitement compris la différence, et la possibilité d’utiliser dans votre phrase le mode logique indicatif quand le mot « seul » qualifie un substantif et ne vient pas compléter un verbe. Oui, cette possibilité existe, à la forme affirmative comme à la forme négative, oui, utilisez-là librement, non, ce n’est pas une simple tolérance ou une nuance, oui, c’est peut-être dans votre texte le mode qu’il faut obligatoirement utiliser pour traduire votre pensée.