Le mieux,

c’est  d’écrire : Les  deux garçons sont les meilleurs amis

Ils sont amis proches ou amis intimes.
C’est son meilleur ami.

Si rien ne vient après amis, aucune des deux phrases n’est correcte, puisque meilleur, comme comparatif (sans article) ou comme superlatif relatif (précédé d’un article défini ou d’un adjectif possessif), demande un complément qui indique à quoi est comparé le complémenté (ici meilleurs amis) :

Ces deux garçons sont meilleurs amis que jamais / que vous ne le pensez / que ne le seraient des frères, etc.
Ces garçons sont les meilleurs amis du monde / de mes frères / que l’on puisse imaginer, etc.