Je dirais « où prends-tu le train ? » – A Paris.
D’où pars-tu ? – De Paris.
Je prends le train de Paris à Grenoble, puis la voiture ensuite.

Il s’agit de désigner ici le lieu où l’on fait qqch. J’emploierais donc où.

D’où marque l’origine, la provenance, l’éloignement, la conséquence :

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Dict. de l’Ac. fr. : 
« D’où, formé de la préposition de et du pronom relatif où, s’emploie lorsque l’antécédent est constitué par une proposition, pour souligner le lien logique entre deux membres d’une même phrase. Il vient d’apprendre la nouvelle, d’où sa surprise. Les cathares s’étaient regroupés dans la région d’Albi, d’où leur surnom d’albigeois. Quand le deuxième élément est une proposition, d’où est développé en d’où il résulte, d’où il suit, d’où il découle… Il a fait de grossières erreurs, d’où il résulte qu’il a échoué. »  Syn. : de là, dont. 

On dira donc :  Où prends-tu le train ?
Mais d’où viens-tu en train? D’où es-tu parti en train?