Pourrais-tu me dire si tu préfères qu’on continue les cours en ligne  pendant les vacances ?
==>problème d’ordre des mots

On peut dire aussi :Pourrais-tu me dire si tu préfères qu’on continue  en ligne les cours   pendant les vacances ?

Mais les deux suggestions sont équivoques pour une personne qui ne connaît pas le contexte, pas pour le destinataire de la question bien sûr.

Avant les vacances, quelle était la situation ? Les cours étaient-ils donnés déjà en ligne ou non ?