Bien que Johnny lui eût expliqué qu’aucune langue ne lui serait désormais inaccessible, elle ne parvenait pas à comprendre comment cela était possible et ne lassait pas de s’en émerveiller.

La phrase est au système du passé, c’est donc le plus que parfait du subjonctif qui convient et qui passe très bien à l’écrit, surtout à la 3e personne.
Mais à l’oral, pour ne pas paraître pédant, et parce que l’imparfait du subjonctif tombe en désuétude, on utilisera le passé du subjonctif, soit la première phrase que vous citez.