Vous avez le choix.
Comment est-ce que vous souhaitez que je vous appelle ?
Comment vous souhaitez que je vous appelle ?
Et pour une langue plus soutenue vous pouvez encore dire ou écrire  :
Comment souhaitez-vous que je vous appelle ?
Nous avons en français trois possibilités.
– (mot interrogatif) + est-ce que + ?
– (mot interrogatif) + ?
– (mot interrogatif) + inversion du sujet + ?
Le mot interrogatif est utilisé pour les interrogations dites partielles (la question porte sur la manière ou la cause ou le lieu….)

Interrogation totale (on répond par ou i ou par non) :
Est-ce que vous viendrez ?
Vous viendrez ?
Viendrez-vous ?

Il  y a une  quatrième possibilité : vous souhaitez que je vous  appelle comment ?  (A l’oral.)

Votre seconde proposition est incorrecte.
Jamais d’inversion ni de « est-ce que » en interrogation indirecte. Il y a deux formes possibles pour la question directe (inversion ou est-ce que), mais une seule pour la question indirecte.
— Comment souhaitez-vous que… ?
— Comment est-ce que vous souhaitez que… ?
— Dites-moi comment vous souhaitez que…