Il arrive bien souvent que les pronoms ne suffisent pas à reprendre clairement un nom.
Justement, l’utilisation judicieuse des pronoms est un critère de la maîtrise de la langue. La personne qui écrit doit s’arranger pour que le sens soit clair et  donc que le référent ne fasse l’objet d’aucune hésitation (du moins généralement car l’ambiguïté peut être voulue dans certains cas évidemment).
Jean regarde Paul. Stéphanie arrive et elle lui dit bonjour.
Jean regarde Paul. Il lui dit bonjour.
Jean regarde Paul. Stéphanie arrive et il lui dit bonjour.
Dans ces phrases on ne peut savoir ce que reprennent les pronoms soulignés. Il n’y a pas de règle de proximité par exemple/
Il faut donc expliciter d’une façon ou d’une autre.
Par exemple (mais il y a bien d’autres façons d’éclaircir le message) :
Jean regarde Paul à qui Stéphanie dit bonjour en entrant.
Jean regarde Paul. Stéphanie arrive et dit bonjour à son frère (si l’un des deux est son frère)
Jean regarde Paul et lui dit bonjour.
Jean regarde Paul et dit bonjour à Stéphanie quand elle entre.

On évitera cependant au premier, au second, à celui-ci ,qui sont lourds.

Bonjour,

Jean regarde Paul. Stéphanie arrive et elle lui dit bonjour.
Jean regarde Paul. Stéphanie arrive et il lui dit bonjour.

Très clair.  Merci !