Marquez uniquement les fichiers que vous devez conserver pour référence comme tel.
Si je vous comprends bien vous voulez dire : marquez les fichiers qui doivent être conservés pour référence  avec la mention « à conserver pour référence ».
« Comme tel » ne convient pas ici. La locution adjectivale ne se rapportant, comme vous le voyez d’ailleurs, à aucun substantif précis mais à une idée. Il ne faut pas craindre d’être un peu plus long pour être clair et correct dans l’expression.

Je vous propose :
Marquez les fichiers avec la mention  « à conserver pour référence » seulement quand ils doivent effectivement être gardés comme référence.
Ne marquez que sur les fichiers à conserver pour référence la mention qui le signale.
« A conserver pour référence » : c’est  ce que vous inscrirez uniquement sur les dossiers qui correspondent à cette mention.
« A conserver pour référence, c’est la mention  que vous inscrirez sur les dossiers qui répondent à cette mention seulement.

Bon,c’est très simple pour répondre à ta question.
1 le mot , fichier : mot masculin
2 le mot , les fichiers : mot masculin pluriel
Dont tu écris tels
Pour te rappeler : tu penses toujours
ADJECTIF s’accorde toujours avec le NOM. Dans ta phrase les fichiers = le NOM et TELS est l’adjectif

Bamako a ici fait montre d’intelligence,  qui a antéposé  « comme tels ».  🙂

Vu que l’emploi de cette expression semble ici faire débat, je joins l’article pertinent de la  BDL. Joëlle a d’ailleurs déjà renvoyé à celui-ci (le 12  janvier 2018).

Merci à tous les 3 pour vos retours, je retiens la suggestion de Bamako.
Bonne soirée à tous !

Merci Prince. Très utile !