Votre objet parle d’accord et votre exemple de pronoms.

Nos traces vont nous poursuivre… jusque dans des ailleurs où elles seront imprimées.
Nos traces vont nous poursuivre… jusque dans des ailleurs. Elles y seront imprimées.

Le  pronom « Y » reprend inutilement le pronom relatif « où ».
Sa présence n’a aucune incidence sur l’accord du participe passé qui se fait avec le sujet, puisque accompagné de l’auxiliaire « être ».

A me relire je vois que je peux être mal comprise :

Le pronom « Y » reprend inutilement le pronom relatif « où » dans la phrase suivante : Nos traces vont nous poursuivre… jusque dans des ailleurs où elles y seront imprimées. On élimine alors le pronom « y » : Nos traces vont nous poursuivre… jusque dans des ailleurs où elles seront imprimées

A partir du moment où les deux propositions deviennent indépendantes, « où » disparaît et il faut employer « y » :  Nos traces vont nous poursuivre… jusque dans des ailleurs. Elles y seront imprimées.

Je vous remercie pour ces explications.