Quant à moi, je ne trouve rien à redire à votre choix du plus que parfait qui s’intègre dans un texte écrit au passé. On accepte aussi sans problème le subjonctif présent qui se substitue la plupart du temps au subjonctif imparfait (qui est tombé en désuétude).

Pour Cédric, il semblait (imparfait)peu probable qu’il ait pu (remplaçant la forme subjonctif imparfait qu’il eût pu) piquer au-dessus des toits du village où le passage d’un rapace d’une telle envergure ne serait pas passé inaperçu conditionnel passé). En revanche, il avait très bien pu (plus que parfait marquant un retour en arrière)surgir des campagnes en vol rasé et accomplir un virage à quatre-vingt-dix degrés avant de disparaître avec sa proie.”

Dans il avait très bien pu :
Ce qui marque l’hypothèse est le verbe « pouvoir ».
Les deux adverbes, dont l’un (très) renforce l’autre (bien) sont là pour augmenter l’idée de probabilité.
Le plus que parfait se comprend dans le jeu des temps du passé.

« Il a pu surgir » (indicatif pour être plus affirmatif)  ou « il aurait pu » (conditionnel :  plus dubitatif) mais pourquoi ce « avait pu » qui est un plus-que-parfait ? il n’y a pas d’antériorité…