En une journée peut signifier : une date, un moment précis :
En une journée ensoleillée,  il marchait sur un sentier qui grimpait à travers bois (= lors d’une journée ensoleillée…) –  En ce jour exceptionnel
Mais il peut également indiquer un laps de temps nécessaire:
Il a exécuté ce travail en une journée/en trois mois/en une minute.

Dans une journée peut indiquer une durée :
Dans une journée on peut faire pas mal de choses (= à l’intérieur d’une journée )- dans les siècles passés on travaillait autrement
Mais peut aussi signifier un délai :
Dans une journée, ce sera trop tard  (= quand une journée se sera écoulée... ) ; dans est alors suivi d’un nombre (: dans deux jours). On préfèrera souvent « jour » à « journée » qui indique un espace de temps mais on peut vouloir insister sur la durée.