Le CNRTL donne justement les deux sens pour « confiné« .
On est confiné, c’est-à-dire mis à l’écart, isolé des autres (seul ou à plusieurs selon les cas), mais un espace ou un air peut être « confiné » également.

Confinement n’a pas le sens de regroupement, c’est le fait d’être retiré et enfermé dans un lieu a priori clos. Dans les cas de confinement pour risque de nuage toxique, on peut confiner tous les élèves au sein d’une école (voir PPMS). Dans la situation actuelle, le confinement a surtout le sens d’isolement. C’est implicite.
Le terme cantonnement – à l’origine militaire – s’applique à une troupe.

Comme vous le dites, c’est compliqué de bien définir les termes.

Ce n’est pas opposé du tout.
Le confinement est un regroupement en vue de rassembler, en un même lieu, une catégorie de personne ou d’animaux afin de les isoler (de les mettre en quarantaine).
Confinement des volailles : le fait de les rassembler dans un espace étroitement délimité (dans le contexte de l’épidémie de grippe aviaire, notamment)
(Petit Robert)

Le ministre a dit « c’est le confinement qui provoque la circulation du virus ». Le contexte était que des gens s’entassaient à des milliers dans un même endroit. Ségolène Royal a compris dans sa phrase qu’il parlait de confinement au sens de séparation entre gens. Et la phrase du ministre devenait fausse, c’est le contraire.
Je ne voyais pas comment le même mot pouvait dire une chose et son contraire, mais Cathy a trouvé, c’est sûrement ça. Le mot n’a pas le même sens si on parle d’un lieu ou de personnes.
Confinement en parlant d’un lieu confiné : gens trop regroupés.
Confinement en parlant de personnes confinées : gens bien séparés.

LE TLF :
Confiner 1 [L’image ou l’idée dominante est celle de frontière ou de limite entre deux lieux ou choses qui se touchent] >> idée de contact
Confiner 2[L’image ou l’idée dominante est celle d’une délimitation autour d’un espace ou d’un point] >> idée d’enfermement
Il n’y a pas d’idée de regroupement  :
On trouve en 1 avec un coi : au figuré en parlant d’un être ou d’une chose par rapport à un(e) autre] Être très proche de. Toute qualité verse dans un défaut; l’économe touche à l’avare, le généreux confine au prodigue, le brave côtoie le bravache- Hugo, Les Misérables,
Mais il y a abstraction
On trouve en 2 avec un cdl : Cette bronchite chronique, qui me confine et me calfeutre dans mon intérieur désolé (E. et J. de Goncourt, Journal

Il faut remarquer que les deux verbes n’ont pas la même construction, en 1 confiner à en 2 confiner dans.

La nominalisation certes, gomme cette construction, mais le contexte lève forcément l’ambiguïté.

Pour ce qui concerne la phrase du ministre, l’ambiguïté ne vient pas du verbe lui-même. Il est de toute façon compris dans son acception 2. L’ambiguïté vient de l’absence de complément de lieu.
Car il existe plusieurs situations de confinement :
-les gens sont confinés dans leur maison, leur appartement avec d’autres (toujours les mêmes) ou seuls, et c’est ce que demande le ministre
-les gens sont parfois confinés dans une salle de réunion, dans une cantine, dans des salles de spectacles,  etc avec d’autres (venant de partout) et c’est ce que ne veut pas le ministre

@Tara Merci mais :

La première grosse moitié de votre réponse, la construction 1 indirecte avec un coi n’a rien à voir avec la question.
D’une part vous savez très bien qu’il ne s’agit pas ici de « confiner à » = « approcher ».
D’autre part dans ce sens, on ne peut pas nominaliser : « Cette réponse confine à la bêtise » n’est pas nominalisable en « le confinement de cette réponse à la bêtise est flagrant » ni en autre chose.
Ce n’est pas que la nominalisation gomme la différence, c’est qu’elle est impossible (ou non usitée) avec la construction indirecte.

Nous ne devons examiner ici que votre point 2. C’est dans ce point 2 qu’il y a une distinction à faire selon qu’on intègre ou non, explicitement ou non, un complément de lieu et peut-être la dimension du lieu ou d’autres critères, c’est ma difficulté.
Je rejette totalement votre phrase soulignée : « il n’y a pas d’idée de regroupement ».
Je ne retiens de votre réponse que « l’ambiguïté vient de l’absence de complément de lieu, il existe plusieurs situations de confinement ». J’aurais d’ailleurs écrit : « plusieurs sens à confinement », et c’est l’objet de ma question.
* Les gens sont trop confinés = trop proches.
* Les gens sont suffisamment confinés = suffisamment éloignés.
Après avoir beaucoup réfléchi, je maintiens que parfois « confinement = regroupement dans un lieu trop petit », et que parfois « confinement = isolement de personnes ou de groupes les uns des autres ».

Par ailleurs, sur vos deux exemples du point 2, je pense un peu comme vous, mais vous ne parlez que du verbe « confiner » conjugué alors que je parle du substantif « confinement ». Je savais déjà vaguement que « confiner » avait deux sens (sans y avoir réfléchi, mais par intuition, par habitude de lecture), mais je m’interrogeais sur le fait que ces deux sens puissent être également nominalisés en « confinement ».
Les réponses de Joëlle et Jean, et le renvoi à la définition de « confinement » ne parlent que du sens « séparer » (seul ou en groupe) et non du sens « trop regrouper ».
Il est, selon les dictionnaires consultés, possible que ce mot « confinement » ne concerne que cette acception (séparer, être suffisamment confiné, réponses de Joëlle et Jean), et que le ministre ait eu tort d’utiliser « confinement » dans l’autre acception (regrouper, être trop confiné).
Il est également possible que le mot « confinement » soit adapté aux deux acceptions (trop confinés = trop regroupés / assez confinés = assez isolés), mais ce n’est pas écrit dans le dictionnaire mis en lien.

Nouvelle question : puis-je me faire l’avocat de Royal et dire que le ministre a fait une faute de français en parlant de « confinement » dans le sens « agglutination » alors que selon nos dictionnaires le mot « confinement » a le sens contraire, celui de « séparation », quand on parle de populations. A-t-on eu ou non raison de se moquer de sa mauvaise interprétation de la phrase ?

Je confirme pour l’instant le statut de meilleure réponse que j’ai attribué à la réponse très incomplète de Cathy, parce qu’elle a mis le doigt sur le problème de savoir si on prenait ou non en compte la dimension de l’espace de confinement (si oui : regroupement, si non : isolement).

À aucun d’entre vous je ne demande de polémiquer pour dire qu’il a raison contre les autres, que son sens est le bon, que c’est évident selon le contexte. Je parle français presque aussi bien que vous, je comprends beaucoup de phrases.
Mais dans la dernière heure où j’ai écrit ce texte, j’ai entendu sur France-Info :
* Le confinement n’est pas assez respecté.
* Le confinement des populations est le principal vecteur de…
Je ne vous demande pas des finasseries pour noyer le poisson, mais de me dire si l’une ou l’autre de ces deux phrases est fautive, selon le dictionnaire ou selon la grammaire.
Peut-on dire à la radio, dans la même heure, qu’il n’y a pas assez de confinement et qu’il y a trop de confinement ?