La règle n’est pas uniforme mais personnellement je le mettrais.

Bonsoir, 
.La Banque de dépannage linguistique  écrit : 

« Il n’y a pas d’unanimité dans les dictionnaires sur l’emploi du trait d’union dans les mots formés avec contre-. Les rectifications de l’orthographe conseillent toutefois la soudure des deux éléments. Les mots composés avec contre– s’écrivent généralement sans trait d’union, à l’exception de ceux dont le second élément commence par une voyelle ou un h muet. La soudure est toutefois permise pour certains de ces mots lorsqu’il y a ellipse du e, par exemple contralto, contravis, contrescarpe, contrordre. Les mots récemment formés et les créations occasionnelles s’écrivent avec un trait d’union même si le second élément commence par une consonne.

Exemples :

– Un contretemps l’a empêché d’assister au concert qu’il attendait depuis si longtemps.

– Cette équipe de hockey a gagné la partie grâce à une contre-attaque surprenante.

– Michel s’est foulé une cheville en dévalant la contrescarpe d’un fossé.

– Beaucoup d’artistes rêvent d’être les instigateurs d’une contre-culture. (ou contreculture)

– On assiste à l’émergence d’une contre-élite politique. »

Compte tenu de ce qui précède, je garderais pour l’instant une contre-autopsie (pour éviter la  succession de deux voyelles), comme le Wiktionnaire. Et je ne me hasarderais pas à écrire contrautopsie…