Ah mince il me semble que dans mon exemple il fallait utiliser un conditionnel passé. Etant donné que c’est éventuellement la même forme cela m’a induit en erreur.
La question reste ouverte. 

Avec un plus-que-parfait dans la subordonnée, il faut un conditionnel passé dans la principale.

Par exemple :
Elle avait apprécié que les zones irritées eussent été nettoyées.
Est-ce correct? A mon avis oui. Il s’agit bien d’un plus que parfait du subjonctif, non?

Elle aurait apprécié que les zones eussent été nettoyées.

Non, ce n’est pas du tout cela ma question.

Au présent la phrase donnerait :
« elle apprécie que les zones irritées soient nettoyées. »
A l’imparfait:
« Elle appréciait que les zones irritée fussent nettoyées. »
Au plus que parfait:
« Elle avait apprécié que les zones irritées eussent été nettoyées. »

Ma question porte sur la dernière phrase. Je m’en fiche des subordonnées et du conditionnel.  Bon je crois que je vais commencer une autre question à ce sujet car mon premier exemple (dont j’avais pourtant dit qu’il n’était pas approprié) vous a embrouillée

Si elles n’avaient été … Eussent pu ou auraient pu (moins littéraire) conviennent.

Elle avait apprécié que les zones irritées eussent été nettoyées  ou aient été nettoyées.

PQPI + < de la sub.==> PQPS (ou SP admis).