Il arrive que (+ indicatif ou subjonctif). Les deux constructions sont correctes, toutefois l’emploi de l’indicatif est un peu vieilli et très soutenu, sauf dans des phrases au passé : il arrivait que des hommes quittaient leur village. Le subjonctif est plus courant : il arrive que le puits soit à sec.
Larousse

Je trouve cette indication du Larousse incomplète.
Avec l’indicatif,  l’expression a un autre sens que celui qui est suivi d’un subjonctif : les faits qu’on énonce se sont produits et non pas une éventualité.

C’est ce que dit le TLF :
3. Il arrive que + verbe au subjonctif (pour exprimer un fait simplement possible) ou à l’indicatif (pour exprimer la réalité d’un fait)

Il arrive qu’une douleur apparaisse puis qu’elle disparaisse : énonciation d’une possibilité.
Il arrive qu’une douleur apparaît puis disparaît : énonciation d’un fait.
Les deux phrases ont finalement un sens très différent.

Une douleur est le sujet qui gouverne apparaisse et disparaisse dans votre dernière construction.
Pour disparaisse, vous avez choisi l’élision d’une manière qui se rapproche de l’oral…

Bonjour,

On dit, en principe : Il arrive qu’une douleur apparaisse et  disparaisse. (Subjonctif de mise)
Par contre, on dit : Il arrive qu’une douleur apparaisse, puis elle disparaît. (On ne peut pas dire « puis elle disparaisse » !)
Donc je suis d’accord avec vous.

Dans le langage soigné, on écrit : Il arrive qu’une douleur apparaisse, puis disparaisse.

Source : Jacques Cellard, Le subjonctif, Duculot.