Personnellement, j’accorde le verbe composer avec le sujet « les régimes ». C’est assez logique puisque le RG est composé de plusieurs régimes, c’est le sens de la phrase.
Le régime général est un des régimes qui composent notre système de protection sociale.
La question : qui est-ce qui compose notre système ? les divers régimes.

« Le régime général est un des régimes », sous-entendu « un régime parmi tous les régimes« .
Posez-vous la question : « Qu’est-ce qui compose notre système de protection sociale ? »
Réponse « tous les régimes« .
Donc vous conjuguerez au pluriel « qui composent« .