La locution « en premier lieu » joue-t-elle un rôle dans le temps du verbe ?  Telle est votre question.
Czardas a dit que « en premier lieu » est une locution adverbiale ; elle signifie « premièrement.
Cet adverbe -qui donc signifie la place chronologique que tient ce qui est exprimé par le verbe  (action, devenir, état) ne joue aucun rôle dans le choix du temps.
En deuxième lieu, en troisième lieu, … :  deuxièmement, troisièmement, …
En premier lieu, nous consulterons la carte – en premier lieu nous consultons le carte – en premier lieu nous consultâmes la carte, etc.

Il existe en effet des adverbes qui, situant dans le passé, dans le présent ou dans le futur, ont, par leur sens, ne influence sur le temps :
Exemples :
Jadis >> passé  — aujourd’hui >> présent  —  demain >> futur

Pour ce qui est du sens de votre phrase, en effet elle est obscure. Je vous propose de reformuler votre pensée, en deux phrases par exemple, pour que chaque information soit exprimée clairement. A vouloir caser trop d’informations dans une seule phrase -courte- on se complique la tâche et on perd en efficacité.

« La seule exception est l’élève qui était très bon en maths en premier lieu ».
Trois notions :
– l’exception
– la priorité (dites ce dont il s’agit, ce qui a lieu en premier)
– la performance de l’élève

Bonjour,

Je ne saisis pas le sens de votre phrase.
Que voulez-vous exprimer ?

La locution adverbiale « en premier lieu » signifie : tout d’abord, avant tout.

Nous traiterons cette question en premier lieu.

Bonsoir, 
Je ne vois pas bien ce que vous  voulez dire par « en premier lieu » ici.

Pourquoi ne pas écrire tout simplement « La seule exception est l’élève très bon en maths » ou  « La seule exception était l’élève très bon en maths » (selon le contexte) ?

Merci pour vos éclaircissements.

La phrase « La seule exception est l’élève qui était très bon en maths en premier lieu » est censée signifier qu’une certaine règle s’applique à tous les élèves de maths, hormis celui qui était déjà bon en la matière dès le départ.

Malheureusement, il ne m’est pas possible de reformuler la phrase en deux.

Peut-être cette phrase vous semble-t-elle obscure car elle est hors contexte ?
Ou bien la locution « en premier lieu » n’est peut-être pas la bonne ?

En effet, « en premier lieu   » n’est pas approprié dans votre phrase, vous ne lui accordez pas le bon sens, ainsi que l’explique Czardas.
Ma suggestion (forme au présent) :
Exception faite de l’élève qui a déjà un bon niveau de connaissances préacquises.