Bonsoir, Minouche,

Il convient de laisser vu non accordé :

Les extraterrestres existent; je suis sûr d’en avoir vu, de mes yeux vu.

La BDL rappelle ci-après notamment la règle de l’invariabilité  du PP avec le pronom neutre et partitif en C.O.D.

« (Je suis sûr d’avoir vu quoi? en, mis pour des extraterrestres. Il n’y a pas d’accord puisque le complément direct est le pronom en.)

 – Cette braconnière, je l’ai vue, de mes yeux vue, abattre un ours.

(Il y a ici accord avec le pronom complément direct, l’, mis pour cette braconnière, qui est placé devant le verbe et qui fait l’action exprimée par l’infinitif abattre).

Par ailleurs, il est correct d’employer l’expression vu, de mes yeux vu non seulement à la première personne du singulier, mais aussi à d’autres personnes. On évitera toutefois d’accorder le second participe passé vu avec le nom voisin yeux

Exemple :

– « Tu as déjà vu, de tes yeux vu, le vrai père Noël? » demande la mère à son petit garçon.

(et non : vu, de tes yeux vus) »

Attention : la règle selon laquelle le participe passé ne s’accorde pas après « en » n’est pas aussi impérative qu’il y parait. Elle pose un problème « congénital » de justification puisque décréter, comme le font nombre de grammairiens, que « en » est un neutre n’est pas fondé et va à l’encontre des  principes d’accord du participe passé.
Sans privilégier l’une ou l’autre, on peut donc s’appuyer sur l’autorité du Bon Usage (Grevisse) pour accepter les deux formes.

Selon moi, la forme non accordée convient mieux lorsque en est un vrai partitif (de la confiture, j’en ai mangé )  et moins lorsque le COD est dénombrable (les extraterrestres existent, je suis sûr d’en avoir vus ).