« Être amis » désigne l’attachement, l’affection particulière qu’on porte à quelqu’un.
On est amis depuis longtemps, on se connait bien.
« Être des amis » désigne les personnes qui ont un lien d’amitié.
Je vous présente mon ami Pierre, un de mes amis.

Bonsoir Chloé,

On peut dire les deux.

Différence sur le plan grammatical : 

En grammaire, il y a une grande différence : dans ils peuvent être amis, , amis  est un adjectif qualificatif  ; dans ils peuvent  être des amis, amis est un nom commun (= un substantif au sens  que presque tous les grammairiens contemporains donnent à ce mot). 

Différence sur la plan sémantique (= du sens) : 

Etre amis = être liés par un sentiment d’attachement qui ne se fonde ni sur la parenté ni sur l’attrait sexuel. 
Etre des amis = être des personnes liées par  un sentiment d’attachement qui ne se fonde ni sur la parenté ni sur l’attrait sexuel.