Modification de ma réponse précédente qui reposait sur une confusion « au fait/en fait » ; je suis épatée par le calme de Czardas devant cette bêtise manifeste : 
– la formule «en fait» ne peut avoir que deux significations: «réellement, vraiment» et «contrairement aux apparences». 
donc 
Je dirais que c’est celle-ci en raison de l’emploi de « en fait » :
Il était là, mais en fait, il est reparti.

Je laisse la signification de « au fait » pour marquer la différence : 
«Au fait», selon le CNRTL, est une élision de la locution «aller au fait». Employée dans le même sens que l’expression «en venir», elle signifie «aborder l’essentiel du sujet».

Bonjour,

Vous trouverez ici une réponse concernant l’emploi de la locution adverbiale  En fait.

Quant aux exemples que vous proposez, ils figurent sur ce site qui  donne la réponse suivante :

« À l’inverse il sera toujours faux de l’utiliser dans les phrases suivantes: «Il était là, mais, en fait, il est reparti», «tu voulais du pain en fait il y en avait déjà à la maison». La locution «en fait» étant ici employée par deux fois dans le sens de mais. »