Bonsoir Line, je commence par votre seconde question : « Ça me fait plaisir que… » est obligatoirement suivi du subjonctif : « … que tu aies pensé à moi ». Pour la première, « du fait que » me semble plutôt également appeler le subjonctif, mais l’indicatif me paraît également acceptable, donc « du fait que tu ne sois pas venu » ou « du fait que tu n’es pas venu ».

1.Il ne viendra pas du fait que tu n’es pas venu.
2. Il ne viendra pas du fait que tu ne sois pas venu.
Ces deux formulations disent la même chose mais avec une nuance.
La phrase 1 constate un fait et l’attention est portée sur ce fait : « tu n’es pas venu »
La phrase 2, parce qu’il y a emploi du subjonctif, déplace l’attention sur la possibilité d’un autre fait  » tu aurais pu venir ».