Bonjour Philippe.

On peut dire les deux (rem. : les deux est correct ici). Toutefois, certains considèrent que ces questions sont familières. Il est certain qu’il est de meilleure langue de dire, par ex. : Comment allez-vous ?  ou Comment vas-tu ? 

Les deux questions n’appellent pas, en général,  le même type de réponses :
Est-ce que ça va aujourd’hui? On demande à la personne interrogée si elle se porte bien ou non. Elle  peut se contenter de répondre par oui ou par non. Elle peut répondre aussi, par ex. : Oui, merci ou Non, pas du tout.
Comment ça va aujourd’hui ? L’interlocuteur ne peut pas, en principe, répondre oui ou non. Il répondra, par ex.:  : Bien, Assez bien, Très mal, Bien, merci. 

Est-ce que ça va aujourd’hui ?

Comment ça va aujourd’hui ?

Les deux expressions sont correctes si elles restent à l’oral (familier).
Pour plus de correction : Comment allez-vous?
ou à l’écrit (on ne pose pas de question directe) :
Je souhaite savoir comment vous allez.

Merci Joelle !

En fait j’ai voulu ajouter un exemple sur mon site d’exercices, dans la rubrique sur les homonymes « ça, çà, ou sa ? ».
Comment/Est-ce que  ça va aujourd’hui ? Oui, je vais bien.
Mais suite à vos commentaires, je vais ajouter la réponse (Oui, je vais bien), afin de ne pas avoir de confusion.
On peut imaginer que cette phrase serait écrire dans une bulle d’une bande dessinée, avec les deux personnages…

À la question « Comment ça va ? » la réponse ne peut pas être « Oui, je vais bien  » mais plutôt « Moi ça va, et toi ? »
De même, à la question « Est-ce que ça va ? » la réponse serait plutôt « Oui, ça va (bien / mieux / pas mal) aujourd’hui« .

À noter que dans les règles de la bienséance, la tournure « Comment allez-vous ?   » est considérée comme inappropriée, car elle évoque le transit intestinal de votre interlocuteur. Idem pour « How do you do ?   » en anglais, par exemple.
Préférez « Comment vous portez-vous ? « ,  votre interlocuteur pourrait connaître ces règles…