Vous devez choisir un mode et un temps.

Au présent : Elle est l’une des plus jolies filles que je connaisse.
Si au présent, vous admettez la nécessité du subjonctif, alors au passé, il faudra également du subjonctif.
Elle était l’une des plus jolies filles que je connusse.
Pour éviter le subjonctif imparfait, vous pouvez si vous le souhaitez le transformer en subjonctif présent (construction plus actuelle), mais pas en indicatif imparfait.
La concordance des temps est facultative, mais conserver le mode en transposant au passé est obligatoire.
Le choix est donc celui-ci : Elle était l’une des plus jolies filles que je connusse/connaisse.

Vous ne pourriez écrire : « Elle était l’une des plus jolies filles que je connaissais » que si vous estimiez qu’au présent il faut écrire « Elle est l’une des plus jolies filles que je connais ». Et vous trouverez effectivement ici ou là des tentatives de justification de cette nuance (parmi celles que je connais réellement donc indicatif), mais aucune n’est convaincante. Selon moi, la construction prime.

Le subjonctif n’est pas forcément nécessaire, tout dépend du sens de la phrase.
Mes suggestions :

Elle était l’une des plus jolies femmes j’aie connues (de ma vie)
Elle était l’une des plus jolies femmes que je connaissais (à cette époque)

Merci beaucoup pour ces réponses ! 🙂

Cathy et moi avons donné des réponses un peu différentes, ce sont surtout deux approches différentes.
J’ai fait une réponse très formelle. J’ai voulu dire : une méthode est de mettre au présent, et si on estime qu’il faut du subjonctif au présent, alors il faut encore du subjonctif au passé. On ne devrait pas s’adapter au prétexte que l’indicatif imparfait passe bien à l’oreille. Ma démonstration s’arrêtait finalement là.
Mais il faut reconnaître que beaucoup disent que l’indicatif est (parfois) possible. Pour moi, le mode de « que je connaisse » est lié à la construction avec « une des plus », imposant le subjonctif. Ce n’est pas une relative déterminant un nom. Ceux qui défendent la possibilité de l’indicatif font de « que je connais » une relative complément du nom (« les filles que je connais »). Et il me semble dans ce cas qu’en ajoutant « une des plus jolies », on a une double détermination. Je pense qu’il manque une articulation du type « parmi les filles que je connais », permettant une détermination à l’intérieur d’une autre. Subjonctif ou indicatif, c’est moins un problème de conjugaison que d’articulation de la phrase. Je défends la première approche, que je comprends, et d’autres défendent la possibilité de la seconde approche, dont la rigueur grammaticale m’échappe, mais dont il faut bien constater l’utilisation.